現在的花橋慈濟宮仍存于舊址——泉州市中山南路花橋亭，宮內建筑古香古色，在周遭建筑的映襯下顯得別具一格。  

　　花橋慈濟宮臨街而立，宮地比街面略高數尺。宮前有一方泉州市人民政府豎立的石碑，標明此處為市文物保護單位。駐足山門前，明代泉州大書法家張瑞圖手書的“真人所居”四個大字躍然眼前。山門兩側為石墻，左右壁上各開一扇六角石窗。拾階而上，入門可見一方供香客休憩之用的空地。每年夏季，這里都會設一奉茶處，向香客游人免費供奉藥茶解暑。穿過空地，經一小庭院就到了大殿。  

　　殿前上方懸有由元代著名書法家趙孟頫書寫的“慈濟宮”匾額，筆墨飽滿，金光灼灼。大殿龕內供奉保生大帝神像三尊，龕前案桌上供奉印、劍童及吳真人的門徒江仙官、張圣者各一尊，另有土地公一尊，案桌左邊有虎、雞、狗三尊塑像，俗稱“三舍爺”，據史料記載，吳真人生前曾為它們醫好病，三畜很感激，一直跟隨在其身邊不愿離開，真人升仙后也同登仙境。大殿北側為“仙姑亭”，供奉真人門徒鄞仙姑，龕前正中供奉明朝敕封的保生大帝圣父母牌位一方。  

　　出了大殿，可以望見殿后有一座鋼筋結構的三層贈藥義診大樓。此樓底層為贈藥處、二層為義診所及中西成藥房，三樓為會議廳和接待室。而大殿與贈藥義診大樓之間的埕院則作為藥圃，種植一些常用的草藥品種，方便患者識別。  

　　花橋慈濟宮建廟至今已近千年，它的建筑鋪陳古樸大氣，常年到此處求醫問藥、捐資獻藥、咨詢、進香的來訪者絡繹不絕，是民間自發組織施德行善、義診贈藥場所的典范。