建設省創新實驗室由所在設區市人民政府進行申報。實驗室應在人才隊伍和科研條件等方面有堅實基礎。申請條件主要包括有：

　　一是在人才隊伍方面，要求擁有固定科研人員150人以上，并且有院士、長江學者、國家“萬人計劃”、國家杰青等科技領軍人才，近三年主持過一批國家重大科技專項、重點研發計劃、國家自然科學基金重大項目，并取得一批重大原創性成果。

　　二是在科研條件方面，要求已建有相關領域的國家重點實驗室、工程（技術）研究中心、企業技術中心等科技創新基地，擁有省創新實驗室建設所必需的科研集中用房和重大科學基礎設施，科研儀器設備總價原值達1億元以上。

　　三是申請建設的設區市政府要在用地、基礎建設、人才引進和成果轉化等方面予以政策和資金支持，以保障省創新實驗室運行與科學管理。